Xin tư vấn: Trả lương cho người lao động làm thêm giờ

Em có 1 vấn đề mong các Anh/ chị tư vấn:
Trường hợp: Người lao động làm thêm giờ vượt quá số giờ QĐ/ năm theo Luật LĐ (rất nhiều) và người lao động tự nguyện việc này.
Nếu chi trả theo phương thức tính làm thêm giờ, trả cùng lương hàng tháng thì Công ty đã vi phạm Luật LĐ
Nếu chi trả phần làm thêm giờ đúng với QĐ, số còn lại làm QĐ chi thưởng thì số tiền tính là chi thưởng sẽ chịu thuế TNCN 100%
Vậy có cách nào khác hợp lý hơn không ạh? Công ty đúng luật và người lao động k bị thiệt thòi
Rất mong Anh/ chị tư vấn ạh.

Trước đây mình đã xử lý tình huống này như sau:
- Số giờ theo quy định của LLĐ: tính làm thêm như bình thường.
- Số giờ vượt quá quy định của LLĐ: tách ra 1 cột riêng và đặt tên cho nó là lương thời gian giờ với cách tính: (số giờ làm thừa * hệ số 1.5) và ko có hệ số làm thêm.
Và khi có thanh tra đến, mình bẩu họ rằng công ty chúng tôi có cả hình thức trả lương thời gian theo ngày công và lương thời gian theo giờ.
- Còn không thì vượt quá có thể thỏa thuận với nhân viên để phòng nhân sự sẽ theo dõi và khi nhân viên nghỉ không lương (khi chưa có phép hoặc hết phép) thì quy ra ngày công bù đủ lương cho họ.