Người nước ngoài làm việc ở Việt Nam được tính thuế như thế nào?

Chào cả nhà

Sếp giao cho nhiệm vụ tìm hiểu kỹ để giải quyết cho câu hỏi: Ở Việt Nam các ngài thì người nước ngoài chúng em được tính thuế như thế nào?
Em hiểu có thể chưa khái quát nhất, nhưng đang quan tâm 03 việc (công ty em làm là 100% vốn nước ngoài):

1. Các khoản khoán chi văn phòng phẩm, công tác phí, điện thoại, trang phục … tính thuế dựa vào định mức 5tr đ / năm
Cách em làm hiện tại là: cứ tính thuế hết cuối năm rồi quyết toán, tức là cuối năm cộng các khoản này trừ đi 5tr định mức, vì tổng khoản này của em vài trăm triệu là bình thường
Hỏi:
- Cách em làm như vậy có đúng không, có người nói chỉ áp dụng công ty nhà nước nội dung này (công ty nước ngoài thì không - tính thuế TNCN hết)
- Em có rất nhiều khoản phụ cấp đối với chế độ của NNN (tiêu biểu): chi phí học phí các con học tại Việt Nam, chi phí các ông về quê thăm nhà,... tổng cũng khoảng 500~900tr. Em được hiểu các chi phí này nằm trong nội dung "..." phía trên không nhỉ?

2. Phụ cấp tiền thuê nhà cho NNN
Em đang hiểu như file đính kèm có đúng hay không, nghe nói có 2 cách > nếu anh chị có cách khác anh chị thể chia sẻ cho em thêm để học hỏi

3. Em đang hiểu tính tiền lương cho NNN: đầu tiên họ có khoản tiền NET thí dụ 15,000 EUR tháng mình chuyển qua GROSS rồi mới tính tiền lương cho họ
Có phải có cách tính NET trực tiếp phải không ạ, anh chị có thể chia sẻ thêm giúp em với nhé

Xin lỗi vì viết cái e-mail hơi dài xíu, vì mọi thứ chưa được thông suốt lắm. Để khái quát nhất vấn đề liên quan tính thuế TNCN của NNN anh chị có thể nhắc nhở em gì thêm vui lòng phản hồi public hay riêng tư giúp em với nhé.

Cảm ơn các anh chị rất nhiều